El 12 de octubre de 2024, el Tribunal Supremo emitió una importante resolución que aclara el carácter vinculante de los informes del Ministerio de Ciencia e Innovación (MCIN) en relación con la deducción fiscal por innovación tecnológica, anulando sentencias previas de la Audiencia Nacional que favorecían a la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT). Esta decisión se enmarca en los recursos de casación nº 948, 1633 y 1635/2023.
El artículo 35.4 del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS) de 2004 establece que las empresas pueden solicitar un informe al MCIN para aplicar deducciones fiscales por innovación tecnológica. Según esta normativa, dicho informe es vinculante para la Administración tributaria, lo que implica que la AEAT debe respetar tanto la calificación del proyecto como las inversiones y gastos evaluados positivamente.
La clave de este fallo radica en la reafirmación del principio de que la AEAT no puede ignorar ni contradecir el informe vinculante del MCIN. Cualquier intento de desestimar este dictamen a través de informes internos del organismo tributario, como los elaborados por el Equipo de Apoyo Informático (EAI), fue considerado inaceptable por el Tribunal.
Entre las principales conclusiones del Tribunal Supremo se destacan:
1. Naturaleza Vinculante:
El informe del MCIN es vinculante en todos sus aspectos, por lo que la AEAT no puede cuestionar su validez.
2. Invalidez de Informes Internos:
La AEAT no puede rebatir un dictamen vinculante con un informe interno que no haya sido sometido a prueba pericial ni contradicción de las partes.
3. Falta de Independencia:
Los informes del EAI no son elaborados por un órgano independiente, lo que socava su credibilidad frente a un informe de un ministerio competente.
Como resultado de esta resolución, el Tribunal Supremo ha estimado los recursos de casación, anulando las sentencias anteriores y las liquidaciones que habían denegado las deducciones fiscales por innovación tecnológica a las empresas recurrentes. Esto no solo refuerza el derecho de las empresas a beneficiarse de estas deducciones, sino que también proporciona una mayor seguridad jurídica en la aplicación de la normativa fiscal.
En conclusión, este pronunciamiento del Tribunal Supremo representa un avance significativo para las empresas que invierten en innovación tecnológica, al garantizar que sus derechos a deducciones fiscales sean respetados y no cuestionados por informes internos de la Administración tributaria.
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